Chunsoft aún no ha detallado mucho sobre el modo historia, pero si ha confirmado que la historia será mucho más intensa que la de la entrega anterior. Es por ello que ha introducido nuevos elementos, como el control del Espacio/Tiempo que tendrá el jugador, o Pokémon que desarrollarán nuevas funciones.

Se ha confirmado la aparición de numerosos equipos de rescate con los que el jugador podrá interactuar. Algunos nos ayudarán, otros competirán con nosotros. Un claro ejemplo de la interacción entre equipos de exploración estará en el Gremio Wigglytuff, lugar que visitaremos en numerosas ocasiones y desde donde se iniciarán muchas de nuestras aventuras.